Povestea iahtului regal Britannia, refugiul secret al Reginei Elisabeta începe în 16 aprilie 1953, anul în care suverana și-a început domnia și a efectuat prima sa cursă pe 11 ianuarie 1954. Cu ea au navigat încă din copilărie Prințul Charles și sora sa Prințesa Anne, către Malta, în călătoria din aprilie 1954, ce a încheiat turneul oficial al familiei Regale, derulat pe o perioadă de 6 luni, în care regina a vizitat 13 țări.

La bordul acestei nave, Regina a devenit primul monarh care a acostat la Chicago în calitate de reprezentant al Canadei în SUA.
La 20 iulie 1959, Majestatea Sa a inaugurat, împreună cu președintele american Dwight D. Eisenhower, cel mai lung canal maritim artificial, Saint Lawrence. Ulterior și alți președinți americani precum Ford, Reagan și Clinton, au urcat la bordul celebrei Britannia.
Nava a fost inițial proiectată pentru a putea fi transformată, în caz de război, într-o ambarcațiune spital, având capacitatea de a găzdui aproximativ de 200 de pacienți.
Deși nu a fost niciodată folosită în această calitate, în ianuarie 1986, când se afla în Marea Roșie, în drum spre Australia, Britannia a fost solicitată și a îndeplinit o misiune spectaculoasă de salvare, participând la evacuarea cetățenilor britanici și nu numai, surprinși în zonă la momentul izbucnirii războiului din Yemenul de Sud.
Mai mult, în cazul unui război nuclear, Britannia a fost special dotată pentru a putea fi folosită ca un refugiu și bază de operațiuni pentru Regină.
Sub numele de cod „Sistem Python”, proiectul de protecție al reprezentanților coroanei regale prevedea ca Britannia să-i poată găzdui, în condiții de maximă siguranță, pe Majestatea Sa, Ducele de Edinburgh și Secretarul casei Regale, pe coasta de nord-vest a Scoției.
Ultima călătorie oficială a vasului Britannia s-a petrecut pe 1 iulie 1997, cu prilejul retrocedării Hong Kong-ului. Atunci, misiunea navei regale a fost aceea de a-i escorta pe guvernatorul britanic Christopher Patten și pe Prințul de Wales la întoarcerea în Marea Britanie.
În 1997, guvernul conservator se angaja să înlocuiască iahtul regal în cazul în care ar fi fost re-ales, conservatorii apreciind costurile acestei strategii ca fiind justificate de rolul acestui accesoriu în politica externă și de promovare a intereselor britanice în străinătate. Doar că, în acel an, alegerile au fost câștigate de Partidul Laburist, al cărui lider, Tony Blair, a anunțat că nava trebuie să fie retrasă și nu se mai pot suporta costurile de construire a unei ambarcațiuni care să o înlocuiască.
Din acel moment, pentru a-și putea realiza excursiile de familie în jurul insulelor Scoției, Regina a închiriat nava privată de croazieră MV Hebridian Princess.
Cu toate acestea, regina a păstrat încă nostalgia iahtului regal.
În prezent, HMY Britannia este ancorată în portul Leith din Edinburgh și este folosită ca restaurant de lux pentru organizarea galelor și evenimentelor speciale. Este deschisă publicului larg, devenind o mare atracție pentru turiști. Peste 250.000 de oameni vizitează anual celebra ambarcațiune.

Într-o carieră oficială de 43 de ani, HMY Britannia a transportat-o pe Regină, pe alți membrii ai familiei regale și diverși demnitari, îndeplinind 696 de misiuni în străinătate și 272 în apele britanice. În tot acest timp, nava a străbătut 1 087 623 de mile marine (2 014 278 km).